Prof. Dr. M. Amin Abdullah dikenal sebagai seorang filsuf yang sangat tekun dalam mengampanyekan gagasan tentang Integrasi-interkoneksi keilmuan, dalam rangka mengakhiri linearitas ilmu yang bersifat monodisiplin. Konsep Integrasi-interkoneksi yang dikembangkan oleh Amin Abdullah ini adalah usaha memahami kompleksitas fenomena kehidupan yang dihadapi dan di jalani manusia, di setiap bangunan keilmuan apapun, baik keilmuan agama (Islam maupun agama-agama lain, termasuk spiritualitas), keilmuan sosial, humaniora, maupun kealaman. Keilmuan-keilmuan itu tidak dapat berdiri sendiri tanpa kerja sama, saling tegur sapa, saling membutuhkan, saling koreksi, dan saling berhubungan dalam disiplin antarkeilmuan.

Pendekatan integratif-interkonektif adalah pendekatan yang berusaha saling menghargai. Integrasi-interkoneksi keilmuan umum dan agama, sadar akan keterbatasan masing-masing dalam memecahkan persoalan manusia, akan melahirkan sebuah kerjasama, setidaknya saling memahami pendekatan (approach) dan metode berpikir (procces and procedure) antara dua keilmuan tersebut.

Integrasi menghendaki adanya hubungan, penyatuan atau sinkronisasi atau saling menyapa atau kesejajaran antar tiap bidang keilmuan yang ada. Setiap bidang keilmuan tidak dapat berdiri sendiri, tanpa saling menyapa dengan bidang keilmuan yang lain. Keadaan saling menyapa ini, menurut Amin Abdullah dapat terjadi/muncul secara induktif, integral (menyatu dalam bahasan), dapat juga dalam bahasan yang komprehensif (kelengkapan aspek tinjauannya), interdisipliner dalam artian dari berbagai tinjauan, holistik (tinjauan menyeluruh) dan tematik (pembahasan sesuai dengan tema).